Алхемичар је роман написан у два дела и епилог. Он се врти око андалузијског пастира по имену Сантиаго и његове потраге за његовом личном легендом која га води из свог села до египатских пирамида. На својим путовањима упознаје низ ликова који му директно помажу или га примером вредне лекције примере.
Мелцхизедек и алхемичар постају ментори, док Енглез износи и пример шта се дешава ако се надате знање углавном из књига, а трговац кристалима показује му животни пут који води ако не поштује личну Легенда. Алхемичар постављен је у универзуму где свако биће има своју личну легенду и где свет има душу, коју дели све, од живих бића до грубе материје.
Први део
Сантиаго је млади пастир из Андалузије и срећан је због предстојећег путовања у град у којем је био и претходне године, јер је упознао девојку коју је очарао. Она је ћерка трговца који од њега купује вуну, човек са поверењем који захтева Сантијаго да стриже овце пред собом како би се избегла превара. Спава у напуштеној цркви, где има понављајући сан који укључује вид пирамиде. Када то објашњава циганки, она то тумачи прилично директно рекавши да заиста мора отпутовати у Египат да би пронашао закопано благо. У почетку он оклева јер ужива у свом пастирском животу и морао је да иде против воље родитеља да га настави, јер су желели да он постане свештеник.
Затим наилази на старца по имену Мелцхизедек, који објашњава концепт „личне легенде“, што је лично испуњење које су сви дужни да стреме. То је „оно што сте одувек желели да постигнете. Сви, кад су млади, знају шта је њихова лична легенда. "Каже му да мора слушати напомене да би пронашао своју благо, и даје му два чаробна камена, Урим и Тхуммим, који одговарају „да“ и „не“ на питања на која не може да нађе одговор сам.
Сантиаго стиже у Тангер након што прода своје овце, али једном када га тамо опљачка сав новац, човек који му је рекао да га може одвести у пирамиде. То му не смета превише, јер почиње да ради за кристалног трговца, заправо јачајући посао свог послодавца својим паметним идејама. Трговац кристалима је и сам имао личну легенду - ходочастио у Меку -, али од тога је одустао.
Други део
Једном када Сантиаго заради довољно новца, није сигуран шта да ради. Прошло је једанаест месеци и није сигуран да ли би се требало вратити у Андалузију да би купио овце са зарадом или наставио са потрагом. На крају се придружује каравани како би отпутовао у пирамиде. Тамо упознаје колегу путника, познатог као Енглеза, који се брбља у алхемији. Он се упућује у оазу Ал-Фаиоум како би се упознао са алхемичаром, јер се нада да ће научити како било који метал претворити у злато. Док путује у пустињу, Сантјаго учи како да ступи у контакт са Душом света.
Ратови вребају у пустињи, тако да каравана за сада остаје у оази. Сантјаго одлучује да помогне Енглезима да пронађу алхемичара. Њихов извор информација је Фатима, девојка коју упознаје док скупља воду из извора и у коју се брзо заљубљује. Он јој предлаже брак, а она пристаје под условом да он испуни потрагу. Она је „пустињска жена“ која може читати напомене и зна да сви морају отићи пре повратка.
Након што се извукао у пустињу, Сантјаго је имао визију љубазности двају сокола који нападају један другог, оазу коју нападају. Нападање на оазу представља кршење правила пустиње, па је он то повезао са главарима, али они кажу да ће морати платити својим животом ако оаза не буде нападнута. Убрзо након те визије он упознаје незнанца у црним хаљинама и сједи на бијелом коњу који се открива као алхемичар.
Оаза се напада, и захваљујући Сантијаговом упозорењу, становници су у стању да поразе нападаче. То не пролази незапажено од алхемичара који се заузврат одлучује за ментор Сантијаго и да му помогне да стигне до пирамида. Међутим, ускоро их је заробила друга група ратника у пустињи. Алхемичар каже Сантијагу да би, како би напредовао са путовањем, требало да постане ветар.
Све више и више упознавајући Душу света, Сантјаго се концентрише на пустињу и на крају успева да постане ветар. То плаши хватаче, који брзо ослобађају и њега и алхемичара.
Стижу је у манастир, где алхемичар неке олове претвара у злато и дели их. Његово путовање се овде зауставља, јер се мора вратити у оазу, али Сантијаго наставља и на крају стиже до пирамида. Почиње да копа по месту за које је сањао да пронађе своје благо, али су га упали у заседу и претрпели силно премлаћивање. Један од нападача, када га је питао шта Сантијаго ради тамо, изводи га сан, спомињући то сањао је о благу које је закопала напуштена црква у Шпанији и да није био толико глуп да га истражује то.
Епилог
То даје Сантиагу одговор који је тражио. Једном када се врати у цркву у Шпанији, одмах ископа благо, сети се да је део циганке дуговао и одлучи да се поново удружи са Фатимом.