Иако Е. општа популација цоли је позната по заразној природи једног одређеног соја (О157: Х7), мало је људи свесно како свестрана и широко коришћена, у истраживањима је уобичајени домаћин за рекомбинантну ДНК (нове генетске комбинације различитих врста или извори).
Бактерије чине корисна средства за генетичка истраживања због њихове релативно мале величине генома у поређењу с еукариотима (има једра и мембрана везане органеле). Е. ћелије цоли имају само око 4,400 гена, док је пројектом људског генома утврђено да људи садрже око 30 000 гена.
Такође, бактерије (укључујући Е. цоли) цео свој живот живе у хаплоидном стању (имају један скуп непарних хромозома). Као резултат, не постоји други сет хромозома који би маскирао ефекте мутација током протеин инжењеринг експерименти.
Ово омогућава припрему лог-фазе (логаритамске фазе, или периода у којем популација расте експоненцијално) културе преко ноћи са средњим путем до максималне густине.
Генетски експериментални резултати у само неколико сати уместо неколико дана, месеци или година. Бржи раст такође значи и веће стопе производње када се културе користе у скалирању
ферментација процеси.Е. цоли се природно налази у цревним трактима људи и животиња где помаже у обезбеђивању хранљивих састојака (витамина К и Б12) свом домаћину. Постоји много различитих сојева Е. цоли који могу произвести токсине или проузроковати различите нивое инфекције ако се гутају или дозвољавају да нападну друге дијелове тијела.
Упркос лошој репутацији једног посебно токсичног соја (О157: Х7), Е. сојеви цоли су релативно безопасни када се с њима поступа уз разумну хигијену.
Е. геном цоли био је први који је потпуно секвенциониран (1997.). Као резултат тога, Е. цоли је микро проучавајући микроорганизам. Напредно познавање његових механизама експресије протеина олакшава употребу експеримената где експресија страних протеина и селекција рекомбинанта (различите комбинације генетског материјала) је суштинско.
Већина техника клонирања гена развијена је коришћењем ове бактерије и још су успешнија или ефикаснија код Е. цоли него код других микроорганизама. Као резултат, припрема компетентних ћелија (ћелија које ће преузети страну ДНК) није компликована. Трансформације са другим микроорганизмима су често мање успешне.
Зато што тако добро расте у људском цреву, Е. цоли сматра да је лако узгајати тамо где људи могу да раде. Најудобније је на телесној температури.
Иако је 98,6 степени већини људи мало топло, лако је одржавати ту температуру у лабораторији. Е. цоли живи у људском цреву и радо конзумира било коју врсту предигриране хране. Такође може да расте и аеробно и анаеробно.
Тако се може размножавати у цревима човека или животиње, али је подједнако срећан у петријевој посуди или тиквици.
Е. Цоли је невероватно свестран алат за генетске инжењере; Као резултат тога, она је била од велике важности у производњи невероватног спектра лекова и технологија. Према Популар Мецханицс, чак је постао и први прототип био-рачунара: „У модификованом Е. цоли 'транскриптор', развијен од стране истраживача са Универзитета Станфорд, март 2007. године, низ ДНК представља жицу и ензиме за електроне. Потенцијално, ово је корак ка изградњи радних рачунара унутар живих ћелија који би се могли програмирати за контролу експресије гена у организму. "
Такав се подвиг могао постићи само употребом организма који је добро разумљив, једноставан за рад и способан да се брзо реплицира.