Један од најважнијих изазова са којим су се афричке државе суочиле против Независности био је њихов недостатак инфраструктуре. Европски империјалисти поносили су се тиме што су довели цивилизацију и развијали Африку, али оставили су своје бивше колоније мало на путу до инфраструктуре. Царства су градила путеве и железнице - тачније, присиљавала их је колонијалне поданике да их граде - али они нису намеравали да граде националну инфраструктуру. Царске цесте и железнице су скоро увек биле намијењене олакшавању извоза сировина. Многи су, попут Угандске железнице, трчали право до обале.
Овим новим земљама такође је недостајала производна инфраструктура која би додала вредност својим сировинама. Богате колико је афричких земаља имало готовине и минерала, саме нису могле да прерадјују те робе. Њихове економије су зависиле од трговине, а то их је чинило рањивим. Они су такође били закључани у кругове зависности од својих бивших европских господара. Стекли су политичку, а не економску зависност, и као Кваме Нкрумах - први премијер министар и председник Гане - знао је да је политичка независност без економске независности бесмислено.
Зависност од енергије
Недостатак инфраструктуре такође је значио да су афричке земље већи део своје енергије зависиле од западних економија. Ни земље богате нафтом нису имале рафинерије потребне за претварање своје сирове нафте у бензин или лож уље. Неки вође, попут Кваме Нкрумах-а, покушали су то исправити предузимајући масивне грађевинске пројекте, попут пројекта хидроелектране реке Волте. Брана је пружала пријеко потребну струју, али њена изградња је Гану снажно задужила. Изградња је такође захтевала пресељење више десетина хиљада Ганаца и допринело је да Нкрумах осиромаши подршку у Гани. 1966. године био је Нкрумах свргнут.
Неискусно вођство
У Независности је било неколико председника Јомо Кениатта, имао је неколико деценија политичког искуства, али други, попут Танзаније Јулиус Ниерере, ушао је у политичку свађу само неколико година пре независности. Такође је постојао јасан недостатак обученог и искусног цивилног водства. Нижи нивои колонијалне владе дуго су имали афрички субјекти, али виши чинови били су резервисани за беле службенике. Прелазак на државне службенике у независност значио је да постоје људи на свим нивоима бирократије са мало претходне обуке. У неким случајевима то је довело до иновација, али многи изазови са којима су се афричке државе суочиле са независношћу често су биле усложњене недостатком искусног водства.
Недостатак националног идентитета
Границе које су остале нове земље у Африци биле су оне које су цртане у Европи током Тражите Африку без обзира на етнички или друштвени пејзаж на терену. Субјекти ових колонија често су имали много идентитета који су надметали њихов осећај постојања, на пример, Гана или Конгоац. Колонијалне политике које су привилеговале једну групу над другом или додељеле земљишна и политичка права од стране „племена“ погоршавале су ове поделе. Најпознатији случај тога биле су белгијске политике које су кристализирале поделе између Хутуса и Тутсиса у Руанди, што је довело до трагичног геноцида 1994. године.
Одмах након деколонизације, нове афричке државе пристале су на политику неповредивих граница, што значи да неће покушати да цртају политичку мапу Африке јер би то довело до хаоса. Лидери ових земаља су, тако, остали изазови да покушају да оформе осећај националног идентитета у време када су они који траже улог у новој земљи често играли на регионалне или етничке појединце оданости.
Хладни рат
Коначно, деколонизација се поклопила са хладним ратом, који је представљао још један изазов за афричке државе. Притисак и повлачење између Сједињених Држава и Уније совјетских социјалистичких република (СССР) учинили су несврстаност а тешка, ако не и немогућа опција, а они лидери који су покушали да урежу трећи начин генерално су установили да морају да предузму стране.
Политика хладног рата такође је представљала прилику за фракције које су покушавале да изазову нове владе. У Анголи је међународна подршка коју су владе и побуњеничке фракције добиле у хладном рату довела до грађанског рата који је трајао скоро тридесет година.
Ови комбиновани изазови отежавали су успостављање снажне економије или политичке стабилности Африка и допринела преокрету с којим су се многе (али не све!) Државе суочиле између касних 60-их и касних 90-их.