Услови који су заробили војнике Уније издржали су у конфедерацији Затвор у Андерсонвиллеу били су ужасни Током 18 месеци колико је затвор био у функцији, умрло је готово 13.000 војника Уније потхрањености, болести и изложености елементима због нехуманог поступања од стране Андерсонвилле-овог команданта Хенри Вирз. Тако да заиста не би требало бити изненађење да је његово гоњење за ратне злочине након предаје Југа најпознатије суђење које је проистекло из Грађански рат. Али није тако опште познато да је било готово хиљаду других војних прогона конфедерата. Многи од њих били су последица малтретирања заробљених војника Уније.
Хенри Вирз
Хенри Вирз преузео је заповједништво над Андерсонвилле затвором 27. марта 1864., отприлике мјесец дана након што су тамо стигли први затвореници. Један од првих поступака Вирза био је стварање подручја званог мртва линија, дизајнираног да повећа безбедност држећи затворенике подаље од зида. Сваког затвореника који је прешао "мртву линију" подвргнули су га пуцању затворске страже. За време Вирзове владавине као командант, он је користио претње да би држао затворенике у реду. Када се чинило да претње не делују, Вирз је наредио стражарима да стријељају затворенике. Ин
Мај 1865, Вирз је ухапшен у Андерсонвиллеу и транспортован у Васхингтон, Д.Ц. да чекају суђење. Вирзу се судило за завјеру да озлиједи и / или убије заробљене војнике непрописно ускраћујући им приступ храни, санитетском материјалу и одјећи. Такође је оптужен за убиство због личног погубљења одређеног броја затвореника.Отприлике 150 сведока сведочило је против Вирза на његовом војном суђењу, које је трајало од 23. августа до 18. октобра 1865. године. Након што је проглашен кривим за све оптужбе против њега, Вирз је осуђен на смрт и објешен 10. новембра 1865. године.
Јамес Дунцан
Јамес Дунцан био је још један официр из затвора Андерсонвилле који је такође ухапшен. Дунцан, који је додељен канцеларији управника, осуђен је за убиство због намерног ускраћивања хране затвореницима. Осуђен је на 15 година тешког рада, али је побегао након што је издржао само годину дана казне.
Цхамп Фергусон
На почетку грађанског рата, Цхамп Фергусон је био земљорадник у Источном Тенесију. Становништво ове области прилично је подељено између подршке Унији и Конфедерацији. Фергусон је организовао герилску компанију која је нападала и убијала симпатизере Уније. Фергусон је такође био извиђач пуковника Коњица из Кентуцкија Јохн Хунт Морган, а Морган је унапредио Фергусона у чин капетана партизанских ренџера. Конфедерацијски конгрес донио је мјеру названу Закон о партизанском ренџеру којом је омогућено регрутовање илегалних радника у службу. Треба напоменути да је због недостатка дисциплине међу партизанским ренџерима генерал Роберт Е. Лее позвао је Конгрес Конфедерације да укине Закон у фебруару 1864. године. Након суђења пред војним судом, Фергусон је осуђен за убиство више од 50 заробљених војника Уније. Погубљен је вешањем у октобру 1865. године.
Роберт Кеннеди
Роберт Кеннеди је био официр Конфедерације који су заробиле снаге Уније и затворен је у војном затвору Јохнсон у Острву. Затвор се налазио у заливу Сандуски, који се налази на обали језера Ерие, на само неколико миља од Сандуског, Охајо. Кеннеди је побегао са Јохнсоновог острва у октобру 1864. године, прелазећи у Канаду - која је задржала неутралност према обе стране. Кеннеди се састао са неколико официра Конфедерације који су користили Канаду као лансирну тачку за извођење ратних акција против Уније. Учествовао је у завери да започне ватру у бројним хотелима, као и у музеју и позоришту у Њујорку, са намером да надвлада локалне власти. Сви пожари су или били угашени брзо или нису направили никакву штету. Кеннеди је био једини који је заробљен. После суђења пред војним судом, Кеннеди је погубљен вешањем у марту 1865.