Проклето историја сукоба Хуту и Тутси обојена је у 20. веку, од покоља 1972. од око 120.000 Хутусавојска Тутси у Бурундију до 1994 Руандски геноцид где је само у 100 дана током којих су милиције Хуту циљале Тутсис, око 800.000 људи.
Али многи би се посматрачи изненадили кад би сазнали да је дугогодишњи сукоб Хутуса и Тутсија нема никакве везе са језиком или религијом - они говоре исте Банту језике као и француски и обично практикујте хришћанство- а многи генетичари су тешко притиснути да пронађу значајне етничке разлике између то двоје, мада су Тутсии генерално примећени да су већи. Многи верују да немачки и Белгијски колонизатори покушали су да пронађу разлике између Хуту-и и Тутси-ја како би што боље категоризовали домаће народе у својим пописима.
Цласс Варфаре
Опћенито, сукоби Хуту-Тутси произлазе из класног ратовања, при чему се сматра да Тутси имају веће богатство и социјални статус (као и фаворизирање стоке у односу на оно што се сматра газдинством ниже класе Хутус). Те класне разлике започете током 19. века, погоршане су колонизацијом и експлодирале крајем 20. века.
Порекло Руанде и Бурундија
Сматра се да Тутси потјечу из Етиопије и да су дошли након што је Хуту дошао Чад. Тутсис је имао монархију из 15. века; ово је свргнуто на наговор белгијских колонизатора почетком 1960-их и Хуту је силом преузео власт у Руанди. У Бурундију је, међутим, устанак Хуту пропао и Тутси су контролирали земљу.
Народ Тутси и Хуту су комуницирали много прије европске колонизације у 19. вијеку. Према неким изворима, људи Хуту су првобитно живели у том подручју, док су Тутси доселили регион Нила. Када су стигли, Тутси су се успели етаблирати као вође у области са мало сукоба. Док су Тутси постали "аристокрација", постојао је доста међусобних односа.
1925. године, Белгијанци су колонизовали подручје називајући га Руанда-Урунди. Уместо да успоставе владу из Брисела, Белгијанци су Тутсија били задужени за подршку Европљана. Ова одлука довела је до искориштавања народа Хуту-а из руке Тутсија. Почевши од 1957., Хутуси су се почели побунити против њиховог поступања, написали су манифест и извели насилне акције против Тутсија.
1962. Белгија је напустила то подручје и формиране су две нове нације, Руанда и Бурунди. Између 1962. и 1994. године дошло је до бројних насилних сукоба између Хутуса и Тутсиса; све је то довело до геноцида 1994. године.
Геноцид
6. априла 1994. године, Хутуов председник Руанде, Јувенал Хабиаримана, убијен је када је његов авион оборен у близини Међународног аеродрома Кигали. У нападу је такође убијен председник Хуту-а из Бурундија, Циприеен Нтариамира. Ово је изазвало хладно добро организовано истребљење Тутсиса од стране Хути милиција, иако кривица за авионски напад никада није утврђена. Сексуално насиље над женама Тутси је такође било широко распрострањено Уједињене нације само је признао да су се „дела геноцида“ догодила два месеца након што је почело убиство.
Након геноцида и поновне контроле Тутсија, око 1,3 милиона Хутуса је побегло у Бурунди, Танзанија(одакле је влада касније протерала више од 10.000), Уганду и источни део Демократска Република Конго, где је данас велики фокус сукоба Тутси-Хуту.Побуњеници Тутси у ДРК оптужују владу за пружање покрића милицијама Хуту.