Цилиа и флагелла имају језгро састављено од микротубула које су повезане на Плазма мембране и распоређени у ономе што је познато као 9 + 2 образац. Узорак је тако назван јер се састоји од прстена од девет скупова упарених микротубула (дупли) који окружују два једнина микротубуле. Овај пакет микротубула у распореду 9 + 2 назива се ан аконеме. База цилије и флагела повезана је са ћелијом модификовано центриоле зване структуре базална тела. Кретање настаје када се девет упарених комплета микротубула аксонема клизне један против другог што изазива савијање цилија и флагела. Динеин моторног протеина је одговоран за стварање силе потребне за кретање. Овакав облик организације налазимо у већини еукариотских цилија и флагела.
Примарна функција цилија и флагела је кретање. Они су средство којим се многи микроскопски једноћелијски и вишећелијски организми крећу од места до места. Многи од ових организама налазе се у воденом окружењу, где их покреће ударање цилија или бичевима сличним дејицама. Протисти
и бактеријена пример, користите ове структуре да бисте се кретали према стимулусу (храна, светлост), даље од стимулуса (токсин) или да бисте одржали њихов положај на општем месту. У вишим организмима цилија се често користи за покретање супстанци у жељеном правцу. Неке цилија, међутим, не функционишу у покрету, већ у осећају. Примарни цилија, пронађена у некима органи и пловила, могу да осете промене у окружењу. Ћелије облоге зидова крвни судови Пример ове функције. Примарни цилија у ендотелијским ћелијама крвних судова надгледа снагу крв тече кроз судове.И цилија и флагела налазе се у многим врсте ћелија. На пример, тхе сперма од многих Животиње, алге, па чак и папрати имају флагеле. Прокариотски организми такође могу да поседују појединачни флагеллум или више. Бактерија, на пример, може имати: један флагеллум који се налази на једном крају ћелије (монтрицхоус), један или више флагела које се налазе на оба краја ћелија (амфритрична), више бичева на једном крају ћелије (лофотрих) или бичеви распоређени по целој ћелији (перитрицхоус). Цилија се може наћи у областима попут респираторног тракта и женски репродуктивни тракт. У респираторном тракту, цилија помаже при чишћењу слузи која садржи прашину, клице, полен, и остале крхотине удаљене од плућа. У женском репродуктивном тракту, цилија помаже помести сперму у правцу материце.