На основу археолошких налаза то је постављено хоминид активност у Јапану може датирати већ од 200.000 ПРЕ НОВЕ ЕРЕ. када су острва била повезана са азијским копном. Иако неки научници сумњају у овај рани датум становања, већина се слаже да је око 40.000 Б.Ц. глацијација је поновно повезала острва са копном.
Становништво Јапанске земље
На основу археолошких доказа, они се такође слажу да између 35.000 и 30.000 Б.Ц. Хомо сапиенс мигрирали су на острва из источне и југоисточне Азије и имали су добро утврђене обрасце лова и сакупљања и израде камена. Камена оруђа, налазишта и фосили људи из овог периода пронађени су на свим острвима Јапана.
Период Јомона
Стабилнији животни обрасци створили су око 10.000 Б.Ц. до Неолитик или, како неки научници тврде, Мезолитик култура. Вероватно удаљени преци Аину абориџина сувременог Јапана, припадници хетерогене Јомон културе (ца. 10.000-300 Б.Ц.) оставили су најјаснији археолошки запис. Већ од 3.000 пре подне, Јомонци су израђивали глинене фигуре и посуде украшене узорцима направљеним утиском влажна глина са плетеном или невезаном врпцом и штаповима (Јомон значи „обрасци плетене врпце“) са растом софистицираност. Ови људи су такође користили алат одрезаног камена, замке и лукове и били су ловци, сакупљачи и вешти приморски и дубоководни риболовци. Бавили су се рудиментарним обликом пољопривреде и живели у пећинама, а касније и у привременим групама пребивалишта из плитких јама или приземне куће, остављајући богате кухињске просторе за модерну антрополошку студију.
До касног Јомоновог периода дошло је до драматичног заокрета према археолошким студијама. Некадашње гајење је еволуирало у софистицирано узгајање риже и владину контролу. Многи други елементи јапанске културе такође могу датирати из овог периода и одражавати помијешану миграцију са сјеверног азијског континента и подручја јужног Пацифика. Међу тим елементима су шинто митологија, брачни обичаји, архитектонски стилови и технолошки развој, као што су лакирање, текстил, обрада метала и израда стакла.
Иаиои период
Следеће културно раздобље, Иаиои (названо по делу Токија у коме се налазе археолошка истраживања откривени њени трагови) цвјетали су између око 300 Б.Ц. и А. Д. 250 од јужног Киусху-а до северног Хонсху. Најранији од ових људи за које се верује да су прешли из Кореје у северни Кјушу и помешали се са Џомоном, такође су користили сечене камене алате. Иако је грнчарија Иаиои била технолошки напреднија, била је једноставније украшена од посуде од Јомона.
Иаиои је правио бронзана церемонијална нефункционална звона, огледала и оружје и, до првог века А.Д., гвожђе пољопривредно оруђе и оружје. Како се становништво повећавало, а друштво постајало сложеније, ткали су тканине, живели у сталним сеоским селима, градили се зграде од дрвета и камена, акумулирали су богатство кроз власништво над земљом и складиштењем жита, и развили различите друштвене мреже часови. Њихова наводњавана, мокра култура пиринча била је слична култури у централној и јужној Кини, захтевајући велика уноса људског рада, што је довело до развоја и евентуалног раста веома седентарног аграрног друштва.
За разлику од Кине, која је морала да подузме огромне јавне радове и пројекте управљања водом, што је довело до високо централизоване владе, Јапан је имао обилну воду. У Јапану су тада локални политички и друштвени догађаји били релативно важнији од активности централне власти и слојевитог друштва.
Најранији писани записи о Јапану потичу из кинеских извора из овог периода. Ва (јапански изговор раног кинеског имена за Јапан) први пут је споменут у А. Д. 57. Рани кинески историчари описали су Ва као земљу стотина расејаних племенских заједница, а не заједницу уједињено земљиште са 700-годишњом традицијом како је утврђено у Нихонги-у, што је темељ Јапана 660 Б.Ц.
Кинески извори из трећег века известили су да су људи Ва живели од сировог поврћа, пиринча и рибе која се јела на бамбусу и дрвеним лежиштима, имали су односе вазала и господара, прикупљали порезе, провинцијске каштеле и пијаце, пљескали су рукама (нешто се још радило у шинтолошким светиштима), водили су насилне борбе за сукцесију, градили земљане гробнице и пратили туговање. Химико, владарица ране политичке федерације познате као Иаматаи, процвјетала је током трећег вијека. Док је Химико владала као духовни вођа, њен млађи брат обављао је државне послове, који су укључивали и дипломатске односе са двором кинеске династије Веи (А. 220. до 65.).