Најранији контакт између обе земље био је путем трговаца и истраживача. Касније средином 1800-их неколико је америчких представника отпутовало у Јапан како би преговарало о трговинским споразумима, укључујући комодора Маттхева Перрија из 1852. године који је преговарао о први трговински уговор и тхе Конвенција Канагава. Исто тако, јапанска делегација дошла је у САД 1860. године у нади да ће јачати дипломатске и трговинске односе између обе земље.
Други светски рат видели су земље како се међусобно погађају након што су Јапанци бомбардовали америчку морнаричку базу у Пеарл Харбору, Хаваји, 1941. године. Рат је завршен 1945. године након што је Јапан претрпео огромне штете од напада атомско бомбардовање Хирошиме и Нагасакија ватрено гађање Токија.
14. августа 1945. Јапан се предао што је довело до окупације победничких савезничких снага. Након стицања контроле над Јапаном, амерички председник Харри Труман постављен за генерала Доуглас МацАртхур као врховни командант савезничких сила у Јапану. Савезничке снаге радиле су на обнови Јапана, али и на консолидацији политичког легитимитета јавно стајући на страну цара Хирохита. Ово је дозвољено
МацАртхур да раде у оквиру политичког система. Крајем 1945. године око 350 000 америчких војника било је у Јапану радећи на великом броју пројеката.Под савезничком контролом, Јапан је извршио изузетну трансформацију коју карактерише нови устав Јапана која је истицала демократске принципе, образовну и економску реформу и демилитаризацију која је била уграђена у нови јапански устав. Како су се реформе одвијале, МацАртхур је постепено пребацио политичку контролу на Јапанце која је кулминирала Споразумом из Сан Франциска из 1952. године који је званично окончао окупацију. Овај је оквир био почетак блиског односа обје земље који траје до данас.
Период после Сан Франциско споразума карактерише блиска сарадња обојице земаља, са 47.000 америчких војних војника који су остали у Јапану на позив Јапанаца влада. Економска сарадња такође игра велику улогу у односима са САД-ом који су Јапану пружали значајне износе помоћи у послератним периодима јер је Јапан постао савезник у Хладни рат. Партнерство је резултирало поновним приближавањем јапанске економије која је и даље једна од најјачих економија у региону.