1) Хокаидо
Површина: 32.221 квадратна миља (83.452 квадратних километара)
Главни град: Сапоро
2) Ивате
Површина: 5.899 квадратних миља (15.278 квадратних километара)
Главни град: Мориока
3) Фукушима
Површина: 5.321 квадратна миља (13.782 квадратних километара)
Главни град: Фукусхима Цити
4) Нагано
Површина: 4.864 квадратних миља (12.598 квадратних километара)
Главни град: Нагано
5) Ниигата
Површина: 4.857 квадратних миља (12.582 квадратних километара)
Главни град: Ниигата
6) Акита
Површина: 4683 квадратних миља (11.612 квадратних километара)
Главни град: Акита
7) Гифу
Површина: 4.092 квадратних миља (10.598 квадратних километара)
Главни град: Гифу
8) Аомори
Површина: 3.709 квадратних миља (9.606 квадратних километара)
Главни град: Аомори
9) Иамагата
Површина: 3.599 квадратних миља (9.323 квадратних километара)
Главни град: Иамагата
10) Кагошима
Површина: 3.526 квадратних миља (9.132 квадратних километара)
Главни град: Кагошима
11) Хиросхима
Површина: 3.273 квадратних миља (8.477 квадратних километара)
Главни град: Хирошима
12) Хиого
Површина: 3.240 квадратних миља (8.392 квадратних километара)
Главни град: Кобе
13) Схизуока
Површина: 2829 квадратних миља (7.328 квадратних километара)
Главни град: Схизуока
14) Мииаги
Површина: 2.813 квадратних миља (7.285 квадратних километара)
Главни град: Сендаи
15) Коцхи
Површина: 2.743 квадратних миља (7.104 квадратних километара)
Главни град: Кочи
16) Окаиама
Површина: 2.706 квадратних миља (7.008 квадратних километара)
Главни град: Окаиама
17) Кумамото
Површина: 2.667 квадратних миља (6.908 квадратних километара)
Главни град: Кумамото
18) Схимане
Површина: 2.589 квадратних миља (6.707 квадратних километара)
Главни град: Матсуе
19) Мииазаки
Површина: 2.581 квадратних миља (6.684 квадратних километара)
Главни град: Мииазаки
20) Тоцхиги
Површина: 2.474 квадратних миља (6.408 квадратних километара)
Главни град: Утсуномииа
21) Гунма
Површина: 2.457 квадратних миља (6.363 квадратних километара)
Главни град: Маебаши
22) Иамагуцхи
Површина: 2.359 квадратних миља (6.111 квадратних километара)
Главни град: Иамагуцхи
23) Ибараки
Површина: 2553 квадратних миља (6 095 квадратних километара)
Главни град: Мито
24) Оита
Површина: 2.241 квадратних миља (5.804 квадратних километара)
Главни град: Оита
25) Мие
Површина: 2224 квадратних миља (5.761 квадратних километара)
Главни град: Тсу
26) Ехиме
Површина: 2.191 квадратних миља (5.676 квадратних километара)
Главни град: Матсуиама
27) Цхиба
Површина: 1.991 квадратних миља (5.156 квадратних километара)
Главни град: Цхиба
28) Аицхи
Површина: 1.990 квадратних миља (5.154 квадратних километара)
Главни град: Нагоја
29) Фукуока
Површина: 1.919 квадратних миља (4.971 квадратних километара)
Главни град: Фукуока
30) Вакаиама
Површина: 1.824 квадратних миља (4.725 квадратних километара)
Главни град: Вакаиама
31) Кјото
Површина: 1781 квадратних миља (4.613 квадратних километара)
Главни град: Кјото
32) Иаманасхи
Површина: 1.724 квадратних миља (4.465 квадратних километара)
Главни град: Кофу
33) Тоиама
Површина: 1.640 квадратних миља (4.247 квадратних километара)
Главни град: Тоиама
34) Фукуи
Површина: 1.617 квадратних миља (4.189 квадратних километара)
Главни град: Фукуи
35) Исхикава
Површина: 1616 квадратних миља (4.185 квадратних километара)
Главни град: Каназава
36) Токушима
Површина: 1.600 квадратних миља (4.145 квадратних километара)
Главни град: Токушима
37) Нагасаки
Површина: 1.580 квадратних миља (4.093 квадратних км)
Главни град: Нагасаки
38) Схига
Површина: 1.051 квадратних миља (4.017 квадратних километара)
Главни град: Отсу
39) Саитама
Површина: 1.454 квадратна миља (3.767 квадратних километара)
Главни град: Саитама
40) Нара
Површина: 1.425 квадратних миља (3.691 квадратних километара)
Главни град: Нара
41) Тоттори
Површина: 1.354 квадратних миља
Главни град: Тоттори
42) Сага
Површина: 942 квадратних миља (2.439 квадратних километара)
Главни град: Сага
43) Канагава
Површина: 932 квадратних миља (2.415 квадратних километара)
Главни град: Јокохама
44) Окинава
Површина: 877 квадратних миља (2,271 квадратних километара)
Главни град: Наха
45) Токио
Површина: 844 квадратних миља (2.187 квадратних километара)
Главни град: Шинџуку
46) Осака
Површина: 731 квадратних миља (1893 квадратних километара)
Главни град: Осака
47) Кагава
Површина: 719 квадратних миља (1862 квадратних километара)
Главни град: Такаматсу
Извори:
Википедиа.орг. Јапански префектуре - Википедиа, Бесплатна енциклопедија. Преузето из: http://en.wikipedia.org/wiki/Prefectures_of_Japan.