Међу мноштвом избора, ових пет мрља су најчешћи, почевши од етидијевог бромида, који се највише користи. Када радите са овим процесом, важно је не само знати разлике између мрља, већ и повезане здравствене ризике.
Етијум-бромид је вероватно најпознатија боја која се користи за визуелизацију ДНК. Може да се користи у гел смеши, пуферу за електрофорезу или да се гел обоји након што се покрене.
Молекуле боје придржавају се ДНК праменова и флуоресцирају под УВ светлошћу, показујући вам тачно где су траке унутар гела. Упркос својим предностима, недостатак је што је етидијев бромид потенцијални канцероген, па се с њим треба поступати са великом пажњом.
СИБР Златна боја може да се користи за бојење дво-или једноланчане ДНК или за бојење РНА. СИБР Голд доспео је на тржиште као једна од првих алтернатива етидијум бромиду и сматра се осетљивијим.
С обзиром да је флуоресценција невезаних молекула тако ниска, одмашћивање није потребно. Молекуларне сонде власника дозволе су такође (од лансирања СИБР злата) развиле и пласирале на тржиште СИБР Сафе и СИБР Греен који су сигурније алтернативе етидијевом бромиду.
СИБР мрље Греен И и ИИ (поново их продаје Молекуларне сонде) су оптимизоване за различите сврхе. Будући да се везују за ДНК, још увек се сматрају потенцијалним мутагенима и због тога треба са њима поступати пажљиво.
СИБР Греен И је више осетљив за употребу са дволанчаном ДНК, док је с друге стране СИБР Греен ИИ најбоље за употребу са једноланчаном ДНК или РНК. Као и популарне етидиум-бромидне мрље, и ове високо осетљиве мрље флуоресцирају под УВ светлошћу.
Произвођача препоручује оба СИБР Греен И и ИИ да се користе са "254 нм епи-осветљењем Полароид 667 црним и бели филм и фотографски филтер за мрље на бази зеленог гела СИБР "за постизање детекције 100 пг РНА или једноланчане ДНК по трака.
СИБР Сафе дизајниран је као сигурнија алтернатива Етидиум Бромиду и другим СИБР мрљама. Не сматра се опасним отпадом и обично се може одлагати кроз редовне канализационе системе (тј. Низ одвод), јер тестирање токсичности показује да нема акутне токсичности.
Тестирање такође указује мало је или нимало генотоксичности на ћелијама сиријског ембриона хрчака (СХЕ), људским лимфоцитима, ћелијама мишјих лимфома или је наведено у АМЕС тесту. Мрља се може користити са трансилуминатором плавог светла који узрокује мању штету на визуализацији ДНК и нуди бољу ефикасност за касније клонирање.
Такође је добар избор ако за обнављање ДНК користите гелове са ниском талиштем. Врло је стабилан на високим температурама и сам по себи има веома ниску флуоресценцију, али је високо флуоресцентна када се веже на ДНК. За Ева Греен је такође показано да има врло малу или никакву цитотоксичност или мутагеност.