Молекуларна једињења садрже два или више неметали (не амонијум јони). Обично можете да препознате молекуларно једињење јер је први елемент у називу једињења неметал. Нека молекуларна једињења садрже водоник, међутим, ако видите једињење које започиње са „Х“, можете претпоставити да је то киселина, а не молекуларно једињење. Једињења која се састоје само од угљеника и водоника се називају угљоводоници. Угљоводоници имају своју посебну номенклатуру, па се према њима поступа другачије од осталих молекуларних једињења.
Неметали се могу комбиновати у различитим омјерима, тако да је важно да име молекуларног једињења указује колико атома сваке врсте елемената има у једињењу. То се постиже помоћу префикса. Ако постоји само један атом првог елемента, не користи се префикс. Уобичајено је префиксирати име једног атома другог елемента моно-. На пример, ЦО је назван угљен-моноксид, а не угљен-оксид.
Формулу за ковалентно једињење можете написати из његовог имена тако што ћете написати симболе за први и други елемент и префикс превести у претплате. На пример, ксенонски хексафлуорид би био написан КСФ
6. Студенти често имају проблема са писањем формула из назива једињења, јер се јонска једињења и ковалентна једињења често збуњују. Не уравнотежујете набоје ковалентних једињења; ако једињење не садржи метал, немојте покушавати да уравнотежите ово!