Бројне структуре су смештене у месенцефалону, укључујући тектум, тегментум, церебрални стабљику, супстанцу нигра, црвену мождину и кранијалних нерава (окуломотор и трохлеар). Тхе тецтум састоји се од заобљених избочина званих коликули који су укључени у процесе вида и слуха. Тхе церебрал педунцле је сноп нервних влакана који спајају предњи мозак и задњи мозак. Церебрални стабљика укључује тегементум (формира базу средњег мозга) и црте церебри (нервни тракти који их спајају церебрум са церебеллум). Тхе субстантиа нигра има нервне везе са фронтални режњеви и друга подручја мозга која су укључена у моторичке функције. Ћелије у субстантиа нигра такође производе допамин, хемијски гласник који помаже у координацији мишића кретање.
Неуродегенерација нервне ћелије у супстанци нигра доводи до пада производње допамина. Значајан губитак нивоа допамина (60-80%) може резултирати развојем Паркинсонове болести. Паркинсонова болест је а нервни систем поремећај који резултира губитком моторичке контроле и координације. Симптоми укључују дрхтање, спорост покрета, укоченост мишића и проблеме са равнотежом.