У неким регионима, попут јужне Индије, хиндуистичка краљевства су се задржала и чак одгурнула од плима муслимана. Потконтинент се такође суочио са нападима познатих централноазијских освајача Генгхис Кхан, који није био муслиман, и Тимур или Тамерлане, ко је био.
Овај период је претходник Мугхал ере (1526-1857). Тхе Мугхал Емпире основао је Бабур, муслимански принц пореклом из Узбекистана. При каснијим мудгарима, нарочито Акбар Велики, муслимански цареви и њихови хиндуистички поданици постигли су невиђено разумевање и створили прелепу и цветајућу мултикултуралну, мултиетничку и верско различиту државу.
1206. бивши Мамлук роб по имену Кутбубуддин Аибак освојио је северну Индију и основао краљевство. Назвао је себе султаном Делхија. Аибак је био централноазијски турски говорник, као и оснивачи три од наредна четири Делхијева султаната. Укупно пет династија муслиманских султана владало је већим дијелом сјеверне Индије до 1526. године Бабур сишао из Авганистана да би основао династију Мугхал.
1221. султан Џалал ад-Дин Мингбурну побегао је из престонице у Самарканд, Узбекистан. Његово Хварезмид царство је пало на напредне војске Џингис-кана, а његов отац је убијен, тако да је нови султан побегао на југ и исток у Индију. На реци Инду у садашњем Пакистану, Монголи су ухватили Мингбурну и његових 50.000 преосталих трупа. Монголска војска била је јака само 30.000, али је приковала Перзијанце уз обалу и десетковала их. Можда је лако сутирати султана, али одлука његовог оца да убију монголске изасланике била је непосредна искра која је кренули у монголска освајања централне Азије и шире, пре свега.
Династија Цхола на југу Индије имала је један од најдужих циклуса било које династије у људској историји. Основан неко време 300-их пре нове ере, трајао је до 1250. године пне. Не постоји ниједна одлучна битка; радије, суседно Пандијско царство једноставно је порасло у снази и утицају до те мере да је засјенило и постепено угасило древну политет Чоле. Ова хиндуистичка краљевства била су довољно јужно да избјегну утјецај муслиманских освајача који силазе из централне Азије.
Године 1290. пала је династија Мамлук у Делхију, а на њеном месту је настала династија Хиљи која је постала друга од пет породица које су владале Делхијским султаном. Династија Кхиљи била би на власти једино до 1320.
Током своје кратке, 30-годишње владавине, династија Хиљи је успешно одбила од многих упада из Монголског царства. Последња, одлучна битка која је завршила монголским покушајима да преузме Индију била је битка код Јаландхара у 1298., у којој је хиљијска војска поклала око 20 000 Монгола и протерала преживеле из Индије за Добро.
1320. године, нова породица мешовите турске и индијске крви преузела је контролу над Делхијским Султанатом, почевши период династије Тугхлак. Основана од Гази Малика, династија Тугхлак се проширила на југ преко Деканске висоравни и први пут освојила већи део јужне Индије. Међутим, ови територијални добици нису дуго трајали. До 1335. године, Делхијски Султанат се поново смањио у своје навикло подручје на северу Индије.
Занимљиво је да је познати марокански путник Ибн Баттута служио као а кади или исламски судија на суду Гхази Малик, који је престолонаследио Гхиасуддина Тугхлака. Није био нимало импресиониран новим владом Индије, славећи се против различитих мучења коришћених људи који нису платили порез, укључујући исцрпљене очи или топљење олова грла. Ибн Баттута је био посебно запрепашћен што су ове страхоте почињене и против муслимана и од неверника.
Док је снага Тугхлака брзо нестала у јужној Индији, ново хиндуистичко царство пожурило је да попуни вакуум снаге. Царство Вијаианагара владало би више од тристо година од Карнатаке. Донела је невиђено јединство јужној Индији, засновано углавном на хиндуистичкој солидарности суочена са муслиманском претњом севера.
Иако су Вијаианагара успјели ујединити већи дио јужне Индије, убрзо су изгубили плодну висораван Деццан који се протеже преко струка потконтинента до новог муслиманског султаната. Бахмански Султанат основао је турски побуњеник против Тугхлака под називом Ала-уд-Дин Хассан Бахман Схах. Уклео је Деццана од Вијаианагара, а његов султанат је остао јак више од једног века. У 1480-им, Бахмански Султанат је запао у стрми пад. До 1512. године одвојило се пет мањих султаната. Петнаест година касније, централне државе Бахмана више није било. У безбројним биткама и сукобима, мале државе наследнице успеле су да спрече потпун пораз од Вијајанагарског царства. Међутим, 1686. немилосрдни цар Ауренгзеб од Муџала покорио је последње остатке Бахманског Султаната.
Мадурајски Султанат, познат и као Ма'барски Султанат, био је још један регион под владавином Турака који се ослободио Делхијског Султаната. Смештен далеко јужније у Тамил Наду, Мадурајски Султанат трајао је само 48 година пре него што га је освојило краљевство Вијаианагара.
Четрнаесто век западног календара завршило је у крви и хаосу за династију Тугхлак из Делхијског султаната. Крвожедни освајач Тимур, познат и под називом Тамерлане, напао је северну Индију и почео да осваја један по један градове Туглака. Грађани у погођеним градовима су масакрирани, док су им одсечене главе биле гомилане у пирамиде. У децембру 1398. године, Тимур је заузео Делхи, опљачкајући град и клао његове становнике. Туглави су се на власти држали до 1414. године, али се њихов главни град није опоравио од терора над Тимуром више од једног века.