Јосепх Егглестон Јохнстон рођен је 3. фебруара 1807. године у близини Фармвилле-а, ВА. Син судије Петера Јохнстона и његове супруге Мери, именован је за мајора Јосепха Егглестона, заповједника његовог оца током Америчка револуција. Јохнстон је такође био у вези са гувернером Патрицком Хенријем кроз породицу његове мајке. 1811. године са породицом се преселио у Абингдон близу границе са Теннессеејем у југозападној Вирџинији.
Локално образован, Јохнстон је примљен у Вест Поинт 1825. године након што га је номиновао ратни секретар Јохн Ц. Цалхоун. Припадник исте класе Роберт Е. Лее, био је добар студент, а дипломирао је 1829. заузео је 13 од 46 година. Повереник као потпоручник, Јохнстон је добио задатак у 4. америчкој артиљерији. У марту 1837. напустио је војску да би почео да студира грађевинско инжењерство.
Антебеллум Цареер
Касније те године, Јохнстон се придружио геодетској експедицији на Флориди као цивилни топографски инжењер. Предвођена поручником Виллиам Попе МцАртхур, група је стигла током
Други Семиноле Рат. 18. јануара 1838. године напали су их Семиноли док су били на копну у Јупитеру, ФЛ. У борбама је Јохнстон залеђен у скалп, а МцАртхур рањен у ноге. Касније је тврдио да у његовој одећи има "не мање од 30 рупа од метака". Након инцидента, Јохнстон је одлучио да се придружи америчкој војсци и тог априла отпутовао у Васхингтон, ДЦ. 7. јула постављен је за првог поручника топографских инжењера, одмах је позван за капетана због својих акција на Јупитеру.1841. године, Јохнстон се преселио на југ да би учествовао у истраживању границе са Тексасом и Мексиком. Четири године касније, оженио се Лидијом Муллиган Симс МцЛане, ћерком Лоуис МцЛане-а, председника железнице Балтиморе и Охио и истакнутог бившег политичара. Иако се оженио до своје смрти 1887. године, пар никада није имао дјеце. Годину дана након венчања са Џонсоном, позван је у акцију са избијањем оружја Мексичко-амерички рат. Сервинг витх Генерал-мајор Винфиелд СцоттВојска 1847. године, Јохнстон је учествовао у кампањи против Мекицо Цитија. У почетку је био Сцоттов штаб, касније је био други командант пука лаке пешадије. Док је био у овој улози, стекао је похвале за свој наступ током Битке у Цонтрерас и Цхурубусцо. Током кампање, Јохнстон је два пута цењен због храбрости, достигавши чин потпуковника, а тешко је рањен гранатом у пуцању Битка код Церро Гордо-а и поново је погођен Цхапултепец.
Интервар Иеарс
Враћајући се у Тексас након сукоба, Јохнстон је служио као главни топографски инжењер Департмана у Тексасу од 1848 до 1853. За то време, почео је писати ратном секретару Џеферсону Дејвису низ писама са захтевом пребацивања натраг у активни пук и препирујући се око својих браве чинова из рата. Ови захтеви су у великој мери одбијени, мада је Давис именовао потпуковника новоформиране прве америчке коњице у Форт Леавенвортху, КС, 1855. године. Служи испод Пуковник Едвин В. Сумнер, учествовао је у кампањама против Сиоука и помагао у сузбијању кризе Крвави Канзас. Наређен у Јефферсон Баррацкс, МО, 1856. године, Јохнстон је учествовао у експедицијама за преглед граница Канзаса.
Грађански рат
Након службе у Калифорнији, Јохнстон је промакнут у бригадног генерала и 28. јуна 1860. постављен је у Генерал-Куартермастера америчке војске. Са почетком Грађански рат априла 1861. и отцепљења његове родне Вирџиније, Јохнстон је поднео оставку од америчке војске. Официр највишег ранга који је напуштао америчку војску због Конфедерације, Јохнстон је у почетку постављен за мајора генерал у милицији Виргиниа пре него што је маја прихватио комисију као бригадни генерал у Конфедерацијској војсци 14. Отпремљен у Харпер'с Ферри, преузео је команду над трупама које су се окупљале под командом Пуковник Тхомас Јацксон.
Наглашена војском Шенендоа, Јохнстонова команда је јула јурнула на исток да помогне Бригадни генерал П.Г.Т. Беаурегардвојска Потомака током Прва битка за трчање Бика. Долазећи на терен, Јохнстонови људи помогли су да окрену борбу и обезбеде победу Конфедерације. У недељама после битке он је помагао у дизајнирању познате бојне заставе Конфедерације пре него што је у августу добио унапређење за генерала. Иако је његово напредовање заостајало за 4. јулом, Јохнстона је наљутило што је био млађи од Самуела Цоопера, Алберт Сиднеи Јохнстони Лее.
Полуострво
Као највиши официр који је напуштао америчку војску, Јохнстон је чврсто веровао да је требао бити виши официр Конфедерацијске војске. Аргументи са сада конфедерацијским председником Јефферсоном Дависом у вези с тим ставом још више су уништили њихов однос и њих двојица су заправо постали непријатељи за остатак сукоба. Постављен у команду над војском Потомака (каснија армија Северне Вирџиније), Џонстон се преселио на југ у пролеће 1862. године да би се бавио Генерал-мајор Георге МцЦлелланКампања полуострва. Првобитно блокирање снага Уније у Иорктовн и борио се код Виллиамсбурга, Јохнстон је започео полако повлачење на запад.
Приближавајући се Рицхмонду, био је приморан да устане и напао је војску Уније на Седам борова 31. маја Иако је зауставио напредовање МцЦлалана, Јохнстон је тешко рањен у раме и груди. Одведени у задњи део да се опораве, команда војске је дата Лееу. Критизиран због попуштања пред Рицхмондом, Јохнстон је био један од ријетких који су то одмах препознали Конфедерацији недостајало материјалне и радне снаге Уније и он је радио на заштити ове ограничене имовине. Као резултат тога, његова честа предаја од тла настојећи да заштити своју војску и пронађе повољне положаје са којих ће се борити.
На западу
Опоравивши се од рана, Јохнстон је добио команду за западно одељење. С ове позиције надгледао је поступке Генерал Брактон Браггвојска Тенесија и Генерал-потпуковник Јохн Пембертонкоманда у Вицксбургу. Са Генерал-мајор Улиссес С. Одобрити кампању против Вицксбурга, Јохнстон је пожелео да се Пембертон уједини с њим како би њихова здружена снага могла поразити војску Уније. То је блокирао Дејвис који је желео да Пембертон остане у одбрани Вицксбурга. Недостајући мушкарцима да изазову Гранта, Јохнстон је био приморан да евакуише Јацксон-а, МС који је дозволио да град буде заузет и спаљен.
Витх Грант опкољавање Вицксбурга, Јохнстон се вратио у Јацксона и радио на изградњи снага за помоћ. Одлазећи према Вицксбургу почетком јула, сазнао је да је град капитулирао четвртог јула. Када се вратио у Јацксона, касније је тог месеца из града одвезен Генерал бојник Виллиам Т. Схерман. Тог пада, после његовог пораза у Битка код Цхаттанооге, Брагг је затражио олакшање. Девис је невољко именовао Јохнстона да командује војском Теннессее-а у децембру. Претпоставивши команду, Јохнстон се нашао под притиском Дависа да нападне Цхаттаноога, али због недостатка залиха то није могао.
Кампања Атланта
Предвиђајући да ће се снаге Схерманове уније у Цхаттанооги на пролеће померити против Атланте, Јохнстон је изградио јак одбрамбени положај у Далтону, ГА. Када је Схерман почео напредовати у мају, избегао је директне нападе на одбрану Конфедерације и уместо тога започео низ окретних маневара који су присилили Јохнстона да напусти положај после положаја. Дајући простора за време, Јохнстон је водио низ малих битака на местима као што су Ресаца и Цхурцх Нев Хопе. 27. јуна, успео је да заустави велики напад Уније на Кеннесав Моунтаин, али опет је видео Схермана како се креће по боку. Огорчен перципираним недостатком агресије, Давис је 17. јула контроверзно заменио Јохнстона Генерал Јохн Белл Хоод. Хипер-агресиван, Худ је више пута нападао Схермана, али је тог септембра изгубио Атланту.
Завршне кампање
Пошто је конфедерацијско богатство постало почетком 1865. године, Давис је извршен притисак да популарни Јохнстон добије нову команду. Именован је да води Департман за Јужну Каролину, Џорџију и Флориду, а такође и Департман за Север Каролина и Јужна Вирџинија, имао је неколико трупа с којима би могао блокирати Шерманов напад северно Саваннах. Крајем марта Јохнстон је изненадио део Схерманове војске у битци код Бентонвиллеа, али на крају је био приморан да се повуче. Учење од Лее се предаје у Аппоматтоку 9. априла, Јохнстон је започео преговоре са Схерманом у Беннетт Плаце, НЦ. Након опсежних преговора, Јохнстон је 26. априла предао готово 90.000 војника у својим одељењима. Након предаје, Шерман је гладовао мушкарцима Јохнстону десет дневних оброка, гест који конфедерацијски командант никада није заборавио.
Каснијим годинама
Након рата, Јохнстон се настанио у Савани, ГА и бавио се разним пословним интересима. По повратку у Виргинију 1877. служио је један мандат у Конгресу (1879-1881) и касније био комесар за железнице у администрацији Цлевеланда. Критичан према својим колегама из конфедерацијских генерала, служио је као племић на Схермановој сахрани 19. фебруара 1891. Упркос хладном и кишовитом времену, одбио је да носи капу у знак поштовања према свом палом противнику и ухваћеном упалом плућа. После неколико недеља борбе са болешћу, умро је 21. марта. Јохнстон је сахрањен на гробљу Греен Моунт, др. Балтиморе.