Изомери су молекули који имају исте хемијска формула али поједини атоми су различито распоређени у простору. Геометријска изомерија односи се на тип изомера где су поједини атоми у истом редоследу, али успевају да се различито просторно распореде. Префикси цис и транс користе се у хемији за описивање геометријске изомерије.
Овај молекул је 1,2-дихлоретан (Ц2Х4Цл2). Зелене куглице представљају атоме хлора у молекули. Други модел се може формирати увртањем молекул око централне једноструке везе угљеник-угљеник. Оба модела представљају исти молекул и јесу не изомери.
Ови молекули су 1,2-дихлоретен (Ц)2Х2Цл2). Разлика између ових и 1,2-дихлоретана је у томе што су два атома водоника замењена додатном везом између два атома угљеника. Двоструке обвезнице настају када се п орбитале између два атома преклапају. Да је атом уврнут, те се орбитале више не би преклапале и веза би се прекинула. Двострука веза угљеник-угљеник спречава слободну ротацију атома у молекулама. Ова два молекула имају исте атоме, али су различити молекули. Су геометријски изомери међусобно.
У номенклатури геометријске изомере, префикс цис- и транс- користе се за идентификацију на којој су страни двоструке везе слични атоми. Цис-префикс је од латинског што значи „са ове стране“. У овом случају, атоми хлора су на истој страни двоструке везе угљеник-угљеник. Овај изомер се назива цис-1,2-дихлоретен.
Трансфикс је од латинског што значи „преко“. У овом случају, атоми хлора су преко двоструке везе један од другог. Овај изомер се назива транс-1,2-дихлоретен.
Алицицилна једињења су неароматски молекули прстена. Када се два супституентова атома или групе савију у истом правцу, молекул је префиксан цис-. Овај молекул је цис-1,2-дихлороциклохексан.
Постоје многе разлике у физичким својствима цис- и транс изомера. Цизомери имају вишу тачку кључања у односу на транспаренте. Трансатомери обично имају ниже тачке топљења и имају нижу густину од својих циста. Кисизомери сакупљају набој с једне стране молекуле, дајући молекули општи поларни ефекат. Транс-изомери уравнотежују поједине диполе и имају неполарну тенденцију.
Стереоизомери се могу описати употребом других нотација поред цис- и транс-. На пример, Е / З изомери су конфигурациони изомери са било којим ротационим ограничењем. Е-З систем се користи уместо цис-транс за једињења која имају више од два супституента. Када се користе у имену, Е и З се пишу курзивним словима.