Оружану побуну против Ассада први су организовали војни дефектори који су у лето 2011. основали Слободну сиријску војску. Њихови редови су убрзо набрекли на хиљаде добровољаца, неки који желе да бране своје градове од бруталности режима, а друге такође покреће идеолошко противљење Ассадовој секуларној диктатури.
Иако политичка опозиција у цјелини представља пресјек Сирије религиозно разнолико друштво, оружаном побуном углавном управљају Сунитска арапска већинапосебно у провинцијским областима са малим примањима. У Сирији има и хиљаде страних бораца, сунитских муслимана из различитих земаља, који су дошли да се придруже различитим исламистичким побуњеничким јединицама.
Устанак до сада није успео да произведе свеобухватан политички програм који би нагласио контура будућности Сирије. Побуњеници имају заједнички циљ срушавања Ассадовог режима, али то је ствар. Велика већина политичке опозиције у Сирији каже да жели демократску Сирију, а многи побуњеници се у принципу слажу да о природи пост-Асадовог система треба одлучивати на слободним изборима.
Али постоји снажна струја тврдоглавих сунитских исламиста који желе успоставити фундаменталистичку исламску државу (за разлику од ове Талибански покрет у Авганистану). Други умеренији исламисти спремни су да прихвате политички плурализам и верску различитост. У сваком случају, непоколебљиви секуларисти који заговарају строгу поделу религије и државе су мањина у побуњеничким редовима, а већина милиција има комбинацију сиријског национализма и исламистичких парола.
Одсуство централног руководства и јасне војне хијерархије једна је од кључних слабости побуњеничког покрета, након неуспјеха Слободне сиријске војске да оформи службену војну команду. Највећа сиријска опозициона група, Сиријска национална коалиција, такође нема утицаја на оружане групе, што повећава сукоб који се не може исправити.
Око 100.000 побуњеника подијељено је у стотине неовисних милиција које могу координирати операције на на локалном нивоу, али задржавају различите организационе структуре, са интензивним ривалством у контроли територије и ресурси. Појединачне милиције полако се удружују у веће, лабаве војне коалиције - попут Исламског ослободилачког фронта или Сиријског исламског фронта - али процес је спор.
Идеолошке поделе као што су исламистичка вс. секуларни су често замагљени, а борци се слијевају у заповједнике који могу понудити најбоље оружје, без обзира на њихову политичку поруку. Још је прерано говорити ко би на крају могао превладати.
Амерички државни секретар Јохн Керри рекао је у септембру 2013. године да исламистички екстремисти чине само 15 до 25% побуњеничких снага. Студија Јане'с Дефенце објављена у исто време проценила је број „џихадиста“ повезаних са Ал Каидом на 10 000, са још 30-35.000 „тврдих исламиста“ који се иако нису формално усклађени са Ал Каидом, имају сличне идеолошке погледе.
Главна разлика између две групе је у томе што „џихадисти“Борбу против Ассада виде као део ширег сукоба против шиита (и, на крају, запада), остали исламисти су фокусирани само на Сирију.
Да ствар буде сложенија, две побуњеничке јединице које тврде да су Ал Каида транспарент - Ал Нусра Фронт и Исламска држава Ирак и Левант - нису у пријатељским односима. Док умереније побуњеничке фракције ступају у савезе са групама повезаним са Ал-Каидом у неким деловима земље, у другим областима расте напетост и стварне борбе између ривалских група.
Када је ријеч о финансирању и наоружању, свака побуњеничка група стоји сама. Главне линије за снабдијевање потичу од присталица сиријске опозиције са сједиштем у Турској и Либанону. Успешније милиције које контролишу веће површине територије прикупљају „порезе“ од локалних предузећа како би финансирале своје пословање, и вероватније ће примати приватне донације.
Али тврда исламистичка група такође може пасти на међународне мреже џихадиста, укључујући богате симпатизере у земљама Арапског заљева. Ово ставља секуларне групе и умерене исламисте у знатну неповољност.
Сиријска опозиција је подржана од стране Саудијске Арабије, Катар и Турска, али САД су до сада поставиле поклопац на пошиљке оружја побуњеницима унутар Сирије, делимично из страха да ће они пасти у руке екстремистичких група. Ако САД одлуче да појачају своје учешће у сукобу, мораће да одаберу побуњеника команданти којима се може веровати, што ће несумњиво додатно запалити сукоб између супарничких побуњеника јединице.