Многа једињења се пречишћују кристализацијом из воденог раствора. Кристал искључује многа контаминанта, међутим, вода се може уклопити у кристалну решетку, а да се хемијски не веже на катион једињења. Подношење топлоте може отјерати ову воду, али процес обично оштећује кристалну структуру. Ово је у реду, ако је циљ добити чисто једињење. Може бити непожељно при узгоју кристала за кристалографију или у друге сврхе.
Понекад се два облика комбинирају. На пример, [Цу (Х)2О)4]ТАКО4· Х2О се може користити за описивање воде кристализације бакарног (ИИ) сулфата.
Вода је мали, поларни молекул који се лако уграђује у кристалне решетке, али није једини растварач који се налази у кристалима. У ствари, већина растварача остаје, у већој или мањој мери, у кристалу. Чест пример је бензен. Да би умањили ефекат растварача, хемичари обично покушавају да уклоне што је више могуће вакуум екстракцијом и могу да загреју узорак да изгубе заостали растварач. Рендгенска кристалографија често може открити растварач унутар кристала.